我院机构设置主要为两大部分：

　　一是机关设 14个科室和部门，包括：办公室、劳人科、财务科、计划经营科、审计科、监察室、物管科、安委办、离退休科、总工办、政治处、工会、纪委、团委。

　　二是生产经营单位及办事处有 11 个，包括：地质矿产勘查所、矿业勘查开发公司、地质灾害防治工程勘察设计院、中心实验室、古生物研究中心、地矿科技信息中心、物业管理服务中心、恒通房地产开发公司、黄金冶炼厂、四川办事处、合作办事处。

　　以地质找矿为主的地质勘查所，以矿业开发为主的矿业公司，以地质灾害治理和工程勘察为主的地质灾害防治工程勘察设计院，以地质矿产实验测试分析为主的中心实验室，以基地开发利用为主的物业中心等“ 一所四大块 ”，是院二级支柱性经营实体。